Παρουσίαση/Προβολή

(11841) -  Εύη Λιανίδου, Αθηνά Μάρκου

Περιγραφή Μαθήματος

 

“Molecular Diagnostics”

Academic Year: 2021-22

Semester: 8

Course Content

 Introduction to molecular diagnostics

Basic principles of modern molecular diagnostic techniques

1. Polymerase chain reaction (PCR)
2. Quantitative PCR. Real-time PCR
3. Droplet digital PCR (ddPCR)
4. Basic molecular methods for mutation detection (SSCP, DGGE, DHPLC, ARMS-PCR).
5. Mutation detection methods based on PCR reaction (ARMS- Real-time PCR, High Resolution melting analysis, COLDPCR, NAPA).
6. Molecular methods for the evaluation of DNA methylation. Basic principles of epigenetics: Epigenetic code, lesions and diagnostic approaches
7. DNA sequencing methods
8. Next Generation Sequencing (NGS), Massive Parallel Sequencing (MPS). New technologies with a wide range of research and clinical applications
9. Clinical applications of microarray-based diagnostic tests: Gene-expression arrays, bead arrays
10. Quality control and accreditation by ISO-15189 in molecular diagnostic laboratories

 Application of Molecular Diagnostics in the clinical lab

11. Molecular biomarkers for cancer: Α: Companion Diagnostics, Β: MicroRNAs
12. Liquid biopsy: Circulating Tumor Cells (CTCs) and circulating tumor DNA (ctDNA), circulating miRNAs, Exosomes
13. Hereditary breast and ovarian cancer syndrome. BRCA-1, BRCA-2, PALB-2 genes
14. Molecular Diagnostics for the detection and identification of carcinogenic viruses (HPV)
15. Molecular Diagnostics for the detection and identification of viruses (HIV, HBV, HCV, SARS-COV-2)
16. Circulating cell free DNA analysis in Prenatal Diagnostics
17. Evaluation of genetic disorders in carriers of β- thalassemia and cystic fibrosis

 Laboratory

1. Human genome sequencing program. Database research
2. In silico analysis – Blast analysis - Design of primers
3. DNA isolation from whole blood
4. Polymerase Chain reaction (PCR): Detection of the 5382insC mutation in peripheral blood Electrophoresis of PCR products
5. Quantitative PCR

 

Suggested Book: Notes: Ε. Lianidou, Α. Markou «Molecular Diagnostics»

 

ΣΤΑ ΕΛΛΗΝΙΚΑ

Περιεχόμενο μαθήματος

 Εισαγωγή στη Μοριακή Διαγνωστική

• Βασικές αρχές σύγχρονων τεχνικών Μοριακής Διαγνωστικής
• Η αλυσιδωτή αντίδραση της πολυμεράσης (PCR).
• Ποσοτική PCR. PCR πραγματικού χρόνου.
• Droplet digital PCR
• Μέθοδοι ανάλυσης μεταλλάξεων με κλασσικές μοριακές μεθόδους (SSCP, DGGE, DHPLC, ARMS-PCR).
• Μέθοδοι ανάλυσης μεταλλάξεων που βασίζονται στην αντίδραση PCR (ARMS- Real-time PCR, High Resolution melting analysis, COLD PCR, NAPA).
• Μέθοδοι μελέτης μεθυλίωσης DNA. Βασικές αρχές επιγενετικής: Επιγενετικός κώδικας, αλλοιώσεις και διαγνωστικές προσεγγίσεις
• Μέθοδοι προσδιορισμού της αλληλουχίας DNA (DNA sequencing)
• Αλληλούχηση επόμενης γενιάς: Next Generation Sequencing, (NGS), Massive Parallel Sequencing (MPS). Νέες τεχνολογίες με ένα ευρύ φάσμα ερευνητικών και κλινικών εφαρμογών
• Xρήση των microarrays στην διάγνωση : Gene-expression arrays, bead arrays
• Next Generation Sequencing (NGS), Massive Parallel Sequencing (MPS)
• Έλεγχος ποιότητας και Διαπίστευση κατά ISO-15189 Εργαστηρίων Μοριακής Διαγνωστικής
• Εφαρμογές Μοριακής Διαγνωστικής στο σύγχρονο κλινικό εργαστήριο
• Μοριακοί δείκτες καρκίνου: Α: Companion Diagnostics, Β: Micro RNAs
• Υγρή Βιοψία (Liquid biopsy): κυκλοφορούντα καρκινικά κύτταρα (CTCs) και circulating tumor DNA (ctDNA), circulating miRNAs, EXOSOMES
• Κληρονομούμενος καρκίνος μαστού και ωοθηκών. Γονίδια BRCA-1, BRCA-2, PALB-2
• Μοριακή Διαγνωστική για ανίχνευση και ταυτοποίηση καρκινογόνων ιών (HPV)
• Μοριακή Διαγνωστική για ανίχνευση και ταυτοποίηση ιών (HIV, HBV, HCV, SARS-COV-2)
• Προγεννητικός έλεγχος: ανάλυση εξωκυττάριου DNA (Circulating cell free DNA analysis in Prenatal Diagnostics)
• Μελέτη των γενετικών διαταραχών στους φορείς της β-μεσογειακής αναιμίας και κυστικής ίνωσης στον Ελληνικό πληθυσμό

 Εργαστηριακές ασκήσεις

1. Πρόγραμμα αλληλούχισης ανθρώπινου γονιδιώματος. Αντληση πληροφοριών από βάσεις δεδομένων.
2. In silico analysis – Σχεδιασμός εκκινητών
3. Απομόνωση DNA από ολικό αίμα.
4. Aλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR): Ανίχνευση της μετάλλαξης 5382insC στο αίμα. Ηλεκτροφόρηση προϊόντων PCR.
5. Ποσοτική PCR, (qPCR)

 Προτεινόμενο βιβλίο

Σημειώσεις: Ε. Λιανίδου, Α. Μάρκου «Μοριακή Διαγνωστική»

 

Ημερομηνία δημιουργίας

Τρίτη 22 Φεβρουαρίου 2022