Μάθημα : Eισαγωγή στη Βιοπληροφορική

Εισαγωγικό Σημείωμα

Εισαγωγικές έννοιες (Η Βιοπληροφορική σήμερα, Βιοπληροφορική και Διαδύκτιο, Βιοπληροφορική στην Ελλάδα και στον κόσμο, Βιοπληροφορική σε ακαδημαϊκό χώρο και εταιρείες). Βιολογικές βάσεις δεδομένων (Περιεχόμενο και οργάνωση, Κατάθεση δεδομένων, Εξόρυξη δεδομένων, NCBI, EBI, KEGG, PDB: βάση δεδομένων δομών βιομορίων). Στοίχιση αλληλουχιών και αναζήτηση σε βάσεις δεδομένων (Εξελικτική βάση στοίχισης ακολουθιών, Μέθοδοι βέλτιστης στοίχισης δύο ακολουθιών, Βαθμολογία αντικαταστάσεων και ποινές για εισαγωγή κενών, Εφαρμογές και παραδείγματα στοίχισης δύο αλληλουχιών, Αναζήτηση ομοιοτήτων σε βάσεις δεδομένων, BLAST (psi-, phi-), Παραπλανητικά αποτελέσματα κατά την αναζήτηση σε βάσεις δεδομένων). Συγκριτική γενετική (Οργάνωση γονιδίων, Το ανθρώπινο γονιδίωμα, Γονιδιώματα άλλων οργανισμών (προκαρυωτικών, ευκαρυωτικών), Ορθόλογα, παράλογα, ομόλογα, ανάλογα, Διευθέτηση γονιδίων σε σειρά (synteny), Ομάδες ορθόλογων (Cluster of Orthologous Groups, COGs), Homologene στο NCBI,). Εφαρμογή της συγκριτικής γονιδιωματικής, (Expressed Sequence Tags (ESTs) τι είναι;, ESTs και ανακάλυψη γονιδίων, ESTs και πολυμορφισμοί ακολουθιών, Υπολογίζοντας επίπεδα γονιδιακής έκφρασης με τη χρήση ESTs, Αλληλεπιδράσεις πρωτεϊνών και αναπαράσταση αυτών, ομαδοποίηση πρωτεϊνών και πρόβλεψη δομής, Ανάλυση, εύρεση υποκινητών στο E.coli και σε ευκαρυωτικούς οργανισμούς, γονιδιώματα ως δίκτυα γονιδίων). Φυλογενετική ανάλυση (Βασικές αρχές μοριακής εξέλιξης, Σύνδεση φυλογενετικής ανάλυσης με πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών, Αλγόριθμοι για ανοικοδόμηση φυλογενετικών δέντρων, Απόσταση, φειδωλότητα και μέγιστη πιθανοφάνεια. Ποια η διαφορά; Λογισμικό φυλογενετικής). Επανάσταση της Βιοπληροφορικής στην Ιατρική (Γονίδια και ασθένειες, Ιατρικές βάσεις ΟMIM (Online Mendelian Inheritance in Man), Φαρμακογενομική, Agricultural genetics και βιοπληροφορική, Το μέλλον της βιοπληροφορικής).