Aλγόριθμοι στη Δομική Βιοπληροφορική

Γιάννης Εμίρης

Περιγραφή

Εισαγωγή στα είδη, την αναγνώριση και τον προσδιορισμό της δευτεροταγούς και της τριτοταγούς δομής μορίων και, ειδικότερα, πρωτεϊνών. Πειραματικά δεδομένα Μαγνητικής Αντήχησης Πυρήνων (Nuclear Magnetic Resonance) και κρυσταλλογραφίας ακτίνων Χ. Μοντελοποίηση του προβλήματος προσδιορισμού της αναδίπλωσης πρωτεϊνών και του εντοπισμού φαρμακοφόρων περιοχών.

Ακολουθίες, σύγκριση και στοίχιση ακολουθιών, στοίχιση με κενά. Δυναμικός προγραμματισμός. Εφαρμογή στην δευτεροταγή δομή RNA. Σύγκριση, υπέρθεση και στοίχιση τρισδιάστατων δομών. Γεωμετρικός κατακερματισμός (geometric hashing).

Γεωμετρία των αποστάσεων, άκαμπτοι γράφοι και υπολογισμός μοριακών διαμορφώσεων μέσω πινάκων αποστάσεων. Κινηματική των μορίων και πίνακες μετασχηματισμών για την περιγραφή διαμορφώσεων στερεών σωμάτων με δεδομένους βαθμούς ελευθερίας. Αναζήτηση στον χώρο των διαμορφώσεων (Comformation space).

Γεωμετρικοί αλγόριθμοι για την αναπαράσταση της μοριακής επιφάνειας και την πρόβλεψη της πρόσδεσης (docking) μορίων σε πρω

Περισσότερα  
Κωδικός: ΤΠΙΒ ΥπΒ 8
Σχολή - Τμήμα: Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών » Μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών » ΔΠΜΣ Τεχνολογίες Πληροφορικής στην Ιατρική και τη Βιολογία

Ημερολόγιο