Διακρίνουμε τρεις στιβάδες στο φλοιό της παρεγκεφαλίδας, την εξώτερη υποκυτταρική μοριακή, την εσώτερη κοκκιώδη , οι οποίες είναι υπεύθυνες για τη χαρακτηριστική δίχρωμη εμφάνισή του σε εγκάρσια τομή με χρώση Α&Η, και την μεταξύ αυτών εντοπιζόμενη στιβάδα των κυττάρων του Purkinje ( Εικόνα 30 ).

Η μοριακή στιβάδα , που χρωματίζεται ροζ, περιέχει λίγους νευρώνες και νευρογλοιακά κύτταρα, άφθονους αμύελους νευράξονες και άλλες νευρικές αποφυάδες ( Εικόνα 31 ).

Η κοκκιώδης στιβάδα , που χρωματίζεται μωβ, περιέχει πολυάριθμους μικρούς νευρώνες με πυκνοχρωματικούς στρογγυλούς πυρήνες, που φαίνονται σαν κοκκία. Αυτά τα μικρά κύτταρα της κοκκιώδους στιβάδας δύσκολα αναγνωρίζονται σαν νευρώνες με τα παραδοσιακά ιστολογικά κριτήρια. Διαθέτουν αμύελους νευράξονες που φέρονται προς τη μοριακή στιβάδα και συνάπτονται με τις δενδριτικές αποφυάδες των κυττάρων Purkinje ( Εικόνα 32 ).

Η στιβάδα των κυττάρων Purkinje , αναγνωρίζεται στη συμβολή των δύο στιβάδων προαναφερθέντων του φλοιού ( Εικόνα 30 ). Τα κύτταρα Purkinje είναι οι μεγαλύτεροι νευρώνες του νευρικού συστήματος και αποτελούν χαρακτηριστικό παράδειγμα νευρωνικής μορφολογίας. Διαθέτουν ένα πολύπλοκο σύμπλεγμα δενδριτών που διακλαδίζονται στη μοριακή στιβάδα και ένα λεπτό νευράξονα που διέρχεται δια μέσω της κοκκιώδους στιβάδας στη λευκή ουσία, όπου συναντά τους κεντρικούς πυρήνες της λευκής ουσίας. Στη χρώση Α&Η, διακρίνονται κυρίως τα μεγάλα κυτταρικά σώματά τους με το χαρακτηριστικό κεντρικό στρογγυλό πυρήνα με έντονο πυρήνιο ( Εικόνα 5 ). Οι πολύπλοκες διακλαδώσεις τους διακρίνονται μόνο μετά από χρώση εμποτισμού με βαρέα μέταλλα ( Εικόνα 33 ).