Τα φυσιολογικά κύτταρα διατάσσονται σε στενή επαφή μεταξύ τους και ενώνονται με κυτταρικές συνάψεις. Νωρίς στη διαδικασία της απόπτωσης παρατηρείται σύνθεση των αναγκαίων ενζύμων για την κυτταρική διά λυση, αλλά αυτή η λειτουργία δεν σχετίζεται με δομικές αλλαγές . Αυτό ονομάζεται προετοιμασία . Κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης πολλά κύτταρα προετοιμάζονται για απόπτωση και επιβιώνουν μόνο αν διασωθούν από κάποιο ειδικό τροφικό παράγοντα .

Τα αποπτωτικά κύτταρα χάνουν τις εξειδικεύσεις της επιφανείας τους και τις συνάψεις , καθώς ελαττώνεται το μέγεθος τους . Η πυρηνική χρωματίνη συμπυκνώνεται κάτω από την πυρηνική μεμβράνη . Αντίθετα με τη νέκρωση , τα κυτταρικά οργανίδια παραμένουν φυσιολογικά . Τα ενδονουκλεοτικά ένζυμα διασπούν τα χρωμοσώματα σε ξεχωριστά νουκλεοσωμικά τεμάχια .

Το κύτταρο διασπάται σε τεμάχια που ονομάζονται αποπτωτικά σωμάτια . Επίσης παρατηρείται και κατακερματισμός του πυρήνα . Κάθε τεμάχιο περιέχει ορατά μιτο­ χόνδρια κα ι ακέραια οργανίδια . Η όλη διαδικασία διαρκεί μόνο λίγα λεπτά .

Τα αποπτωτικά τεμάχια αναγνωρίζονται από τα γειτονικά κύτταρα , που τα πέπτουν με φαγοκυττάρωση για να τα καταστρέψουν. Μερικά τεμάχια εκφυλίζονται έξω από τα κύτταρα, ενώ άλλα πέπτονται από φαγακύτταρα της περιοχής , τα οποία δεν φαίνονται σε αυτό το διάγραμμα .
Αν και η απόπτωση είναι μια φυσιολογική διαδικασία , μπορεί να επαχθεί από παθολο γικές καταστάσεις .